Центрально-Лесной заповедник расположен на западе Европейской части России, на главном Каспийско-Балтийском водоразделе Русской равнины непосредственно на водоразделе верховьев р. Волга и р. Западная Двина, в юго-западной оконечности Валдайской возвышенности (Тверская область, Нелидовский и Андреапольский районы).