Музей посвящён истории одного из крупнейших в мире водохранилищ и является подразделением Рыбинского музея-заповедника. Располагается в деревянном здании бывшего родильного дома, перевезённого из соседнего села Погорелка. Здесь представлено около 300 предметов и материалов, рассказывающих о геологическом прошлом водохранилища, о затопленных Мологском крае и селе Коприне, о строительстве гидроузла и о современной жизни Рыбинского моря. Среди интересных экспонатов — модели речных судов кабестана, коноводки, туера, которые использовались в этих местах на Волге задолго до создания Рыбинского водохранилища и которые иллюстрируют трудности судоходства в те времена. Также представлен уникальный макет плота мологжанина-переселенца. В музее демонстрируются кадры кинохроник 1930-х годов о строительстве гидроузла, а также документальные фильмы о прошлом и настоящем Рыбинского водохранилища. В музейном киоске представлена разнообразная сувенирная продукция.